先天性癫痫在治疗方面主要是选择药物治疗。首先要做脑电图检查、化验血、头颅磁共振，还有基因的检查等，通过检查确定引起先天性癫痫的病因和发作类型，选用合适的抗癫痫药物进行治疗。
例如小儿失神发作可以选择乙琥胺，对于复杂的运动性的发作，可以给予丙戊酸钠进行口服。也可以通过手术的方法进行治疗，通过评估来确定手术方案，给予姑息的方法减轻、减少癫痫发作。
先天性癫痫的患者在服用药物时要谨遵医嘱，在饮食方面也要营养化，不能喝刺激性的饮料以及辛辣刺激性的食品以及咖啡、浓茶等；
另外要多给生酮饮食，生酮饮食也就是说高脂肪、低碳水化合物的饮食。日常生活中应持乐观态度，树立战胜疾病的信心。