儿童疱疹性咽峡炎属于病毒感染性疾病，一般以药物治疗为主，同时要注意日常护理，高热时需进行降温。抗病毒药物有利巴韦林（病毒唑），口服或静脉点滴，口腔局部喷利巴韦林气雾剂。
高热可口服对乙酰氨基酚或布洛芬，亦可用物理降温，如冷敷。注意日常的护理、居室通风、多饮水、流质饮食、补充维生素。
儿童用药具有专业性，建议及时就医，在医生的指导下服用。