疱疹性咽峡炎为自限性疾病，由于病情等情况不同，会有个体差异，一般病程4～6日，重者可至2周。疱疹性咽喉炎主要是因为患者抵抗能力下降，病毒入侵所导致的，大部分患者可自愈，预后良好。
但由于患者的年龄、身体素质、病情严重程度、治疗方案及时机等情况不同，病程时长会存在一定的差异。极少数病情进展迅速，可合并脑炎、肺水肿、肺出血等严重并发症。
所以建议患者及时就医，在医生指导下进行治疗。