隐睾手术后两侧睾丸大小不同的原因，可能与患侧的睾丸发育迟缓或出现萎缩现象有关。患侧睾丸发育迟缓：患侧的睾丸有可能发育程度跟不上正常的睾丸，所以就会出现一个大一个小的现象。
需要三个月左右的时间慢慢恢复正常的生精功能，大小也会逐渐恢复正常。患侧睾丸出现萎缩现象：萎缩的原因可能与隐睾的位置有关，腹膜后隐睾手术后出现萎缩的可能性大。
建议每三个月复查阴囊彩超看看睾丸的功能、局部血供情况，明确术后治疗的效果。