肛瘘如果不治疗，可能造成的影响包括肛瘘病情进行性加重，对肛门功能存在影响。肛瘘未经过手术治疗可存在反复发作可能，从而造成直肠周围形成较大脓肿。
脓肿围绕直肠形成炎性结节约束直肠，此类患者在急性发作时会出现高热及排便、排尿困难。此时需要对脓肿进行引流，可采用切开引流或超声下置管引流，使脓液排出。
炎症即可很快得到控制，高热及排便、排尿困难症状可以得到很快缓解。