肛瘘的原因可能是吃辛辣食物引起的，平时多吃新鲜的水果蔬菜、少吃辛辣食物、多喝温水也可以有效缓解症状，也可能是腹泻病引起的，可以服用蒙脱石、双歧杆菌活菌制剂、洛哌丁胺进行治疗。
还可能是肛周脓肿引起的，可以外用金黄膏、活血止痛散、四黄膏、玉露膏进行治疗，建议患者去医院查明病因，对症治疗，应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。