吃益生菌拉肚子的原因如下：
1、患者腹内有很多有害菌，有益菌进入人体后，会和有害菌进行竞争，从而造成腹泻的症状。等菌群稳定后症状就会消失。
2、患者刚开始服用，体内菌群较少，突然增加的菌群会让机体出现不适应的情况，进而造成这一现象。
3、益生菌属于肠道的有益菌群，如果吃太多的话，也可能会造成腹泻。 可以使用止泻的药物治疗，也可以采用肚子热敷、按摩等方式来进行缓解，还可以多喝些温开水，防止电解质紊乱。如出现其他情况，建议去医院及时在医生的指导下治疗，治疗期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻等食物。