脊索瘤术后最常见的后遗症如下：
1.脑神经损伤：脑神经一共有12对，脑神经损伤主要会使患者出现嗅觉丧失、视物模糊、耳鸣、头晕、平衡障碍、听力下降等。如果是脑部的中枢神经受到了损伤，还有可能会使患者出现瘫痪，导致患者失去自理能力，甚至需要终身卧床。
2.脑干损伤：是一种严重的，甚至是致命的损伤，脑干损伤常分为两种：原发性脑干损伤，外界暴力直接作用下造成的脑干损伤；继发性脑干损伤继发于其他严重的脑损伤之后，因脑疝或脑水肿而引起脑干损伤。重症脑干损伤疗效甚差，其死亡率几乎占颅脑损伤死亡率的三分之一，若延髓平面受创，则救治希望甚微。
3.脑脊液漏：是指各种原因导致颅盖和/或颅底骨折或缺损，使硬脑膜和蛛网膜破裂，脑脊液由骨折缝隙经鼻腔、外耳道或开放伤口流出，使颅腔与外界相交通。脑脊液漏多由外伤引起，部分为手术的医源性因素所致，自发性脑脊液漏罕见。 建议患者术后感觉身体不适时，及时就医，在医生的指导下进行检查，并配合治疗。