疫苗的保护率与疫苗的种类、对象病因而异，如乙肝疫苗保护率为90％～95％。接种乙肝疫苗不是永久不会感染乙肝，疫苗的保护作用会随着时间逐渐的降低。
在接种第一针乙肝疫苗之后，大约有30％的接种人群会产生乙肝抗体，并且抗体不稳定；接种第二针之后，会有90％人群产生抗体；
在完成第三针的接种后，产生抗体的人群会在95％，并且效果会维持在较高的水平。