造成隐匿性阴茎的原因有先天性因素和后天性因素，先天性因素包括内膜发育异常，后天性因素包括过度肥胖、包皮环切术后引起瘢痕性狭窄。
先天性因素： 1、内膜发育异常。阴茎内膜的伸缩性很好，阴茎内膜增厚、增粗，容易出现纤维索带，从而失去弹性，影响到正常的伸缩，导致隐匿性阴茎。
如果影响到性生活，必要时可到正规医院采取手术治疗。2、阴茎内膜附着异常也是常见的先天性因素，主要是怀孕早期应用保胎药物所致，孕期一定要注意用药安全。
后天性因素： 1、比较常见的就是做了包皮环切手术之后出现了疤痕性狭窄，对阴茎造成了束缚，可引起隐匿性阴茎，可在正规医院做包皮环切术。
2、过度肥胖：肥胖导致大量脂肪堆积，将阴茎体掩藏于皮下。建议平时加强运动，在脂肪组织减少后，阴茎可恢复正常状态。