肠炎类型不同，治疗的药物也就有所不同。如感染性肠炎，早期医生可经验性选择敏感的抗感染药物，待细菌培养结果确定之后，再及时调整药物，选择更加敏感的药物。
溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病，需根据病情选择免疫调节药物。急性肠炎病比较急，症状严重，但治疗效果比较好。临床上经常使用头孢类药物或喹诺酮类抗炎剂，如果腹泻症状比较严重的加蒙脱石酸治疗。
脱水严重或电解质障碍严重的话，需要补液、补充电解质等进行输液治疗，用药谨遵医嘱。慢性肠炎分为感染性和非传染性两种，持续时间长，症状缓慢。
建议到医院消化内科就诊，做肠镜检查，补充益生菌，调节菌群失衡，如果有感染症状，可应用抗生素如头孢类药物，用药谨遵医嘱。
如果肠炎并发了肠出血、肠穿孔、肠梗阻等并发症，积极内科治疗无效时，应行手术治疗。手术方法就是切除病变肠段，以达到治疗目的。
具体治疗方案的确定和药物的选择要在专业医师指导下制定。