下午睡醒头疼的原因有：可能是感冒引起的，可以应用利巴韦林、奥司他韦、氨加黄那敏胶囊进行治疗。也可能是偏头痛引起的，可以应用对乙酰氨基酚，布洛芬进行治疗。
还可能是脑血管狭窄引起的，可以应用阿司匹林和氯吡格雷进行治疗。还可能是脑部供血不足引起的，可以应用曲克芦丁、川芎嗪、西比灵进行治疗。
建议患者去医院查明病因，对症治疗。应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用。