三个月孩子流清鼻涕的治疗有：如果是鼻炎导致的，可以应用玉屏风颗粒、香菊胶囊、苍耳子鼻炎滴丸进行治疗。如果是着凉导致的，可以应用抗病毒口服液、奥司他韦胶囊或颗粒、莲花清瘟胶囊进行治疗。
如果是急性上呼吸道感染导致的，可以应用普地兰消炎口服液、兰芩口服液、利巴韦林颗粒剂进行治疗。建议患者去医院查明病因，对症治疗。
应遵医嘱使用药物，对以上药物过敏者禁用。