三个月宝宝咳嗽的原因主要有以下几种：
1、感染引起的：因为炎症刺激，导致分泌物增多，继而咳嗽。
2、过敏性咳嗽：对冷空气、刺激性气味，或者某种物体过敏，经给予抗过敏治疗后明显改善。
3、百日咳：咳嗽明显，呈连声咳，且咳嗽剧烈。 宝宝免疫力低，咳嗽反复，应警惕肺部感染，建议应及时就诊儿科完善相关检查，进行针对性治疗。