由于个体差异大，结肠炎直肠炎用药不存在绝对的最好，应根据具体情况选择药物，来达到好的效果。
1.放射性肠炎：控制炎症并减少出血，可使用硫糖铝、美沙拉嗪类药物。缓解肠道阻塞可用2%苯唑卡因棉籽油灌肠或温水坐浴。
2.溃疡性肠炎：常用的药物包括如美沙拉嗪、柳氮磺吡啶、氢化可的松、地塞米松、硫唑嘌呤、巯嘌呤等药物治疗。
3.由细菌感染引起的肠炎：需要针对病因进行抗感染治疗，可用多西环素等抗生素，病毒感染引起的直肠炎可使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
4.调整肠道菌群：使用益生菌制剂。如双歧杆菌乳杆菌三联活菌片，枯草杆菌二联活菌颗粒等。 建议患者及时就医，明确病因进行针对性治疗。用药需遵医嘱，不可私自用药，以免发生不良反应。