离肛门三厘米有个肉疙瘩可能是因为，肛乳头肥大、外痔、肿瘤。需要对症治疗。
1.肛乳头肥大:肛乳头肥大也可摸到离肛门三厘米有个肉疙瘩，一般认为与肛管处感染、外伤或刺激等有关。可以外用具有局部保护功能的药栓，如痔疮栓。必要时进行外科手术或结扎治疗。直接切除肛乳头。
2.外痔：外痔脱出后可表现离肛门三厘米有个肉疙瘩。其治疗以非手术治疗为主，无症状的痔无需治疗，有症状的痔，以减轻或消除症状为主要目标。外痔的药物有各类肠道益生菌制片、乳果糖等泻药，多潘立酮等胃动力药。
3.肿瘤:直肠癌可摸到离肛门三厘米有个肉疙瘩，如确诊为肿瘤，首先需要明确肿瘤性质，如良性、恶性、是否转移等，再制定治疗方案，如放疗、化疗或者手术切除肿瘤。 建议患者及时就医，查明病因后对症治疗。