导致小脚拇指指甲很厚凸起的原因考虑是因为银屑病甲、灰指甲、甲营养不良等，需根据具体的病因予以治疗。
1.银屑病甲：由银屑病累及甲母质和甲床，致其角化异常的疾病，表现为甲点状凹陷、甲剥离、甲增厚等。可外用1%的氟尿嘧啶对增厚的甲剥离，祛除角质；或使用40%尿素软膏对患甲周围皮肤滋养，促进细胞活力，增快患甲的恢复；当有持续性的肢端皮炎发生，可使用抗生素防止感染，如头孢呋辛，阻止败血症的发生。日常需遵医嘱长期治疗，避免疾病反复。
2.灰指甲：又被称作甲癣，通常是癣菌感染导致，具有传染性。可出现指甲增厚、分离、翘起、表面凹凸不平等症状。严重时可能会出现甲下出血。可用阿莫罗芬搽剂，或者口服盐酸特比萘芬或是伊曲康唑进行治疗。灰指甲患者平时应该注意个人卫生，勤洗手脚，不要与其他人共用洗鞋袜、毛巾。
3.甲营养不良：缺乏维生素、饮食不规律或挑食引起的。表现为指甲增厚、边薄、易碎、指甲变形等。建议多摄取富含维生素的食物，如大米、菠菜、苹果、鸡蛋等，适量运动增强免疫力。以上药物使用时谨遵医嘱，如果症状较严重，建议尽早前往医院就诊。