胃肠间质瘤如果是早期发现并没有出现转移的话，是可以治愈的；但如果胃肠间质瘤已发生转移，恶性程度比较高的话，治愈的可能性相对小一些。
一般来说，对那些低风险和极低风险，以及肿瘤没有侵袭性的良性间质瘤，是可以通过手术或者是内镜介入手术治愈的。但术后仍有复发风险，尤其是高危的胃肠间质瘤患者，术后复发率高达55%-90%，此类患者术后若辅助靶向治疗，可明显降低复发及转移风险，达到临床治愈。
如患者已经处于晚期，而且已经发生癌变，一般难以完全治愈。建议患有胃肠间质瘤的患者，早发现，早治疗。