慢性肛窦炎的患者可以使用可以口服消炎药治疗，也可以可口服清热解毒中成药治疗，还可以进行手术治疗。慢性肛窦炎可能是肠道细菌异常生长引起的，也可能是肛窦局部细菌感染引起的，还可能是肛管黏膜组织损伤引起的。
建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，治疗期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻等食物。