阴茎上长水泡需要用抗病毒治疗，如口服阿昔洛韦片缓解症状。还需要局部涂抹红霉素软膏，或是口服广谱抗菌素等药物治疗。
阴茎上长水泡是生殖器疱疹导致的，生殖器疱疹是一种极强的传染性疾病，主要通过性接触传播和直接接触传播，不小心接触到泡液就有可能被传染。
药物需在医师指导下使用，对药物成分过敏者禁用。