眼部扁平疣治疗方法是可以外用氟尿嘧啶软膏、维甲酸软膏等药物治疗，还可以口服病毒灵、泛昔洛韦等药物治疗，如果情况严重还可以选择激光治疗、冷冻治疗。
眼部扁平疣是由人乳头状病毒感染眼睑引起的眼睑皮肤病变，表现为大小不等的扁平丘疹，有的自觉轻微瘙痒，建议患者去医院查明病因，对症治疗，应遵医嘱服用药物，对药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。