手臂上有扁平疣的去除方法有：可以应用水杨酸、干扰素、咪喹莫特乳膏进行治疗，还可以进行液氮冷冻治疗，也可以进行二氧化碳激光治疗。
扁平疣是由于人乳头瘤病毒感染导致的，出现扁平疣后建议避免搔抓，以免发生同形反应接种到身体其他部位。临床症状为皮损多发于面部、手背、手臂，表现为大小不等扁平丘疹，表面光滑，境界清楚。
建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，应遵医嘱使用药物，对以上药物过敏者禁用。