小儿结肠炎的病因主要是细菌、病毒、寄生虫或者真菌等，感染了孩子的结肠所致，其中病毒感染比较多见，与孩子平时不注意个人卫生，吃饭前不洗手或者添加辅食不合理，进食了不宜消化或者辛辣刺激性的食物等有关。
有一部分儿童自身体质较为敏感，肠粘膜组织会发生充血、水肿、糜烂等病理性的改变。另外，还有一部分儿童因为自身存在免疫系统的缺陷，也可能会发生结肠炎的情况。
结肠炎的治疗需要对症治疗主，如果是细菌性感染引起就要应用抗生素，如果是病毒性感染引起就要对症治疗。同时要注意补液和饮食调节，最主要是要给肠道自我修复的机会，可以使用益生菌类药物促进肠道菌群调整、肠道黏膜修复。