HER2是乳腺癌中的重要指标，但不是一个完全独立的指标，不能作为判断乳腺癌复发的因素。除了HER2这一个分子标记外，还包括ER、PR状态，淋巴结的状态，肿瘤的WHO分级，肿瘤的大小以及治疗的方案是否规范，这些都会影响肿瘤的复发。
HER2阴性的患者从分子分型的角度来讲有两种，一种是三阴的乳腺癌，也就是ER、PR和HER2都是阴性，对于这种患者预后相对差一点。
如果HER2阴性，但ER、PR是阳的患者，还可以采用内分泌治疗，这部分患者预后相对较好，复发风险较低。