肛周脓肿流脓后应及时行切开手术，充分引流。肛周脓肿的病人，如果表现为局部流脓，考虑是局部软组织感染、坏死、破溃，应及时进行手术切开，充分引流，将脓汁排出，病人疼痛或发热的症状能得到缓解，同时系统的进行静脉抗感染治疗。
肛周脓肿多是由革兰氏阴性杆菌继发感染所导致的，常用的抗生素是头孢类药物联合甲硝唑静脉输入。治疗期间应注意切口的换药，保持引流通畅，可以进行冲洗，在脓腔内填塞抗菌素纱布，促进创口愈合，注意保持引流通畅，避免形成残腔或肛瘘。
用药谨遵医嘱。