葡萄球菌肺炎常用的抗生素有青霉素G、苯唑西林、头孢唑啉等。对于院内感染和部分院外发病者，应给予耐酶的β-内酰胺类抗生素，如苯唑西林、氯唑西林或萘夫西林。
医院外感染的金葡萄菌肺炎，可用青霉素G、头孢唑啉或头孢噻酚静脉滴注。金葡萄菌称甲氧西林耐药株可用万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺，也可选用利福平、SMZ-TMP、磷霉素、氟喹诺酮类以及丁胺卡那霉素等治疗。
以上药物服用时，应在医生的指导下进行服用，不可自行服用，以免产生不良反应。