肛门长瘊子的治疗方法有：可以应用重组人干扰素α-2b软膏，咪喹莫特乳膏进行治疗，也可以采用二氧化碳激光进行治疗，还可以使用电离子术把疣体烧掉。
肛门长瘊子可能是因为体内的气血失和而导致的，也有可能是因为病毒感染所导致的。建议去医院及时检查，在医生指导下进行治疗，应遵医嘱使用药物，对以上药物过敏者禁用。