牙根底下发黑是因为软组织色素沉着斑导致的，建议及时去医院的牙科在医师的指导下治疗。还可能是因为长期的口腔卫生环境不良导致的，需要去医院做超声洁牙，采用超声洁治的办法将牙根处堆积的牙石和色素完全清除。
还有可能是因为患有根面龋坏导致的，建议及时进行龋齿治疗。平时少吃一些酸甜的糖果，少喝茶叶，喝咖啡以及抽烟等。