儿童早上醒来咳嗽可能扁桃体炎引起的，可以服用蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、复方鱼腥草糖浆等药物治疗，也可能是支气管哮喘引起的，可以服用沙美特罗、氟美特罗等药物治疗。
还可能是呼吸道感染引起的，可以服用小儿阿莫西林克拉维钾颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物治疗，建议患者去医院查明病因，对症治疗，应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。