巧克力囊肿进行手术治疗要根据生活需求和疾病程度来看。
1.个人需求：若是年龄较大，无生育需求，可在医生指导下，服用适量避孕药，抑制体内激素变化，阻止子宫内膜异位的发展。若是适龄妇女，有生育需求，则需通过手术切除治疗，改善子宫和盆腔的内环境，增加怀孕的几率。
2.疾病程度：如果是比较小的囊肿，通常无明显症状，不必立即手术，可继续观察，通过药物进行控制，抑制卵巢功能，阻止月经的来临，就有可能使囊肿逐渐消失。但若是巧克力囊肿大于5厘米，并伴有剧烈的痛经和小腹坠胀，就需进行手术治疗，将囊肿切除，使卵巢功能恢复正常。建议患者确诊后，及时就医，以免延误治疗。