根据肛瘘发生的原因分为现腺源性肛瘘和结核性肛瘘。前者是由于肛隐窝感染引起，常常会出现肛门周围；后者是因为结核病发病引起。
肛瘘又可分为复杂性肛瘘和单纯性肛瘘。如果是有单个瘘管或者外口属于单纯性肛瘘，而复杂性肛瘘根据其内口的位置又分为高位肛瘘和低位肛瘘。
如果内口位于肛门直肠环以上，就属于是高位肛瘘。如果是位于肛门直肠以下，就属于低位肛裂，其中包括高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位复杂性肛瘘。