儿童慢性肠炎的治疗有：可以应用吗丁啉、普瑞博思、胃复安进行治疗，也可以用艾灸理疗法，穴位有中脘穴、关元穴、神阙穴、大肠俞穴。
对于部分重症慢性结肠炎患者，还需要手术治疗。小孩慢性肠炎是由于长时间腹泻，不对症治疗引起的继发性乳糖不耐受或食物过敏导致的。
建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，应遵医嘱使用药物，对以上药物过敏者禁用。艾灸后注意不能碰水，以免受到寒气的入侵，引起风寒感冒等症状。