小儿疱疹性咽峡炎的治疗方法可以服用利巴韦林、阿莫西林、更昔洛韦等药物治疗，也可使用干扰素雾化治疗，如合并细菌感染需服用抗菌素。
高热时可口服对乙酰氨基酚或布洛芬等药物治疗。小儿疱疹性咽峡炎属于上呼吸道感染的一种特殊类型，它是由柯萨奇病毒感染导致的，建议患者去医院查明病因，对症治疗，应遵医嘱服用药物，对以上药物过敏者禁用，用药期间如有不适，及时就医。