牙痛牙周炎可以服用抗厌氧菌的抗生素，例如甲硝唑、奥硝唑或替硝唑。如果疼痛比较明显并且有脓，还需要再加服广谱的抗生素，例如阿莫西林和头孢呋辛酯。
如果只是单纯的牙周的疼痛，没有引起牙髓的疼痛，控制好炎症之后就需要进行系统的牙周刮治治疗，能够防止反复发作。牙痛牙周炎是由于牙根暴露导致牙本质的过敏，常发生在进食过凉、过热的食物之后，导致牙齿出现敏感性的疼痛，需注意对上述药物过敏者禁用，有头孢类过敏史的患者不宜使用。