结核性肛瘘通常需要药物和手术进行治疗。结核性的肛瘘往往是因为局部发生了感染，导致了肛门周围脓肿的造成，在发生溃破以后就造成了肛瘘的状态。
在疾病的发作期一般也是需要通过手术对肛瘘进行治疗，同时需要使用抗结核的药物进行全身的治疗。肛瘘在手术之后，一定要规范地使用抗结核的药物进行对症的治疗，同时要按时进行换药，保持手术创面引流的通畅，保持肉芽组织的新鲜。
肛瘘在手术之后，排便后要及时的进行清洗，保持局部的清洁，还可以缓解排便时所发生的疼痛，肛瘘的创口还可以使用抗结核的药物进行换药。
建议患者及时就诊，在医生的指导下进行治疗。