导致肛门深处疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：
1.高位肛周脓肿。通常会表现为肛门深部出现疼痛感，主要是因为细菌感染的部位较深导致的，还可伴随发烧，寒战等症状。
2.高位性肛瘘。高位性的肛瘘也可导致肛门深处出现疼痛。是因为肛瘘内口发炎，还分泌大量的脓性分泌物，从而刺激肛门深处的组织而导致肿痛流脓。
3.肛窦炎。肛窦炎也可导致肛门深处出现疼痛，主要是肛隐窝部位受到细菌感染导致的。 若患者出现肛门深处疼痛的情况，建议及时就医，在医生的帮助下进行治疗，以免耽误病情。