核酸检测的原理是检测DNA基因序列。每一种生物都有特定的基因序列。已知一种生物的基因序列，在进行检测时发现与此相同的基因序列，可作为其诊断依据。
核酸检测是通过采集鼻咽部的分泌物进行基因片段检测，如果和检测的核酸能够配对，可确定为阳性。核酸检测在实施过程中会受到各种因素干扰，存在一定的假阴性和假阳性，需要结合临床表现，影像学检查、流行病学史等综合判断。