一般接种新冠病毒疫苗48小时后方可进行核酸检测，如果是其他非灭活类疫苗接种后就可以进行核酸检测。因为灭活疫苗是由病原体比如新冠病毒，经过灭活处理后制作的疫苗，其中含有病原体的核酸序列。
接种时，在对疫苗进行抽取与注射器排气等操作过程中，疫苗可能会以液体或气溶胶的方式漂浮在空气中，从而导致接种者鼻腔或咽喉黏膜中存在病原体核酸片段，在检测鼻咽分泌物的核酸时可出现假阳性结果。
如接种其他疫苗，如狂犬病疫苗、破伤风疫苗、乙肝疫苗等，接种后就可以进行核酸检测，不影响检查结果的。如果接种疫苗后核酸检测为阳性，需要向医生说明疫苗注射情况，并在2天后再次检测，明确是否存在病原体感染。