非淋菌性尿道炎在临床上有尿道炎的表现，典型症状:尿道刺痒，伴有尿急、尿痛及排尿困难，但症状较淋菌性尿道炎轻，无症状或排少量黏性分泌物。
在较长时间不排尿或清晨首次排尿前，屎道口可泌出少量黏液性分泌物，有时仅表现为痂膜封口或内裤污秽。还可能出现泌尿生殖系炎症：男性患者可发生附睾炎。
女性患者不如男性典型，很多患者可无症状，一般可发生尿道炎、黏液脓性宫颈炎、急性盆腔炎症性疾病及不育症等。建议出现以上症状者，要及时到医院就诊，以免耽误病情。