扁平舌苔藓可以通过物理治疗、内用药物、外用药物进行治疗。
1.物理治疗：如激光治疗、冷冻治疗，主要是消除皮肤的苔藓，有利于皮肤恢复，可针对肥厚性斑块及疣状增生性扁平苔藓治疗。
2.内用药物：给予口服糖皮质激素药物，如泼尼松，用以减轻局部损伤，消除瘙痒症状，控制黏膜继续损害；或口服免疫制剂，如羟氯喹，主要针对糖皮质激素药不敏感的患者，用以控制顽固性扁平舌苔藓，如果皮肤有严重溃烂及有化脓物流出，给予口服环孢素软胶囊，用以消炎。
3.外用药物：给予外涂糖皮质激素类软膏，如氟轻松软膏、地塞米松软膏，用以减轻炎性反应。有角质增厚现象时，给予外用阿维a酸类软膏，服用异维a酸类软膏。以上药物服用时，应在医生的指导下进行服用，不可自行服用，以免产生不良反应。