更年期胃肠功能紊乱大多与内分泌失调、情绪精神因素等方面有关。随着体质的下降，可能会伴有菌群失调、胃肠蠕动减慢，有可能会出现便秘恶心、呕吐、消化不良等症状，可以口服益生菌调整菌群失调。
更年期综合征可进行营养神经的治疗，缓解烦躁易怒、情绪不稳定的症状。如果内分泌失调比较严重，可以口服二至丸治疗，用药谨遵医嘱。
更年期肠道功能紊乱时，需要针对不同的症状进行对症治疗。适用腹胀、早期饱腹、促进胃肠动力的药物和补充消化酶的制剂。
上腹部疼痛明显时，使用粘膜保护剂或抑酸药。反复腹泻的患者可以服用益生菌制剂，间歇配合止泻药。大便干燥需要使用软化大便的药物和促进胃肠动力的药物。
患者出现便秘要注意饮食方面的调理、多喝水、多吃新鲜水果和蔬菜，多吃粗纤维食物，可以促进大便的通畅。