甲状腺消融术优势在于手术创伤小，手术安全性较高，术后恢复快，不会留有明显的疤痕；劣势在于无法立即将体内坏死的组织拿出，需要借助患者自身的免疫功能使其消失。
淋巴结组织无法彻底清扫，疾病复发率较大，并且有部分患者可能对穿刺针的高温不耐受，导致其喉上及喉返神经损伤，患者出现饮水呛咳、声音嘶哑等症状，对生活质量影响较大。
通常甲状腺消融术是一种微创手术，和开放性手术相比各有优势，建议患者在治疗甲状腺疾病时，综合医生意见和疾病情况而选择治疗方法。