肛门栓剂的使用方法是先洗干净肛门，然后肛门周围涂上一层油，甘油等用的乳液擦，然后拿出栓剂，洗干净手，戴手套，手指进入到肛门里面，然后用食指推3节，基本上在肛门5到6厘米后就可以了。
这是将手指退出来，再脱掉手套。使用肛门塞之前，需多饮温水，排空粪便，保持肠道通畅。用药后尽量采取平卧或侧卧位，保持2个小时左右，尽量避免排便和剧烈运动。
由于人体肛门至直肠的毛细血管和血管神经比较丰富，通过局部用药，可使药物渗入大肠内壁组织黏膜，进入全身的血液循环，使药效发挥最大的作用。
肛门栓剂使用时，一般建议在晚上睡觉前或排便后服用，这样效果更好。