肝囊肿的治疗方法包括外科手术治疗、超声引导穿刺引流、腹腔镜下开窗引流、肝移植等。一般肝囊肿没有超过5厘米，不需要进行特殊的处理，只要密切随访观察即可。
但囊肿较大、伴发感染、压迫症状明显者就要尽快治疗。外科手术治疗：如囊肿开窗术、囊肿切除术，囊肿内引流术等。最常用的是囊肿开窗术，其创伤小、恢复快，复发率低。
超声引导穿刺引流：是把囊液抽出后注射无水酒精等硬化剂，破坏囊壁上皮，此法操作简便，但容易复发。囊肿外引流术：适用于囊肿继发感染者。
肝移植：适用于伴随肝功能衰竭的多囊肝病人。建议患者前往医院检查后，根据病情严重程度，选择合适的治疗方法。