流行性感冒的病原是流感病毒，流感病毒是一种RNA病毒，分为甲、乙、丙三型。甲型流感病毒极易发生变异，可以出现抗原漂移和抗原转变，会出现大型变异、亚型变异和变种变异。
根据抗原变异的大小，人体的原免疫力对变异的新病毒可完全无效或部分无效，从而引起流感流行。乙型流感病毒也易发生变种变异，丙型流感病毒一般不发生变异。
甲型流感病毒常引起大流行，病情较重，乙型和丙型流感病毒引起流行和散发，病情相对较轻。