杞菊地黄丸和知柏地黄丸都是用来补肾的药物，他们的区别有：
1.功效区别：两者虽然都有滋补肾阴的功效，但杞菊地黄丸主要用来治疗肝肾阴亏引起眩晕耳鸣，视物昏花等症状，而知柏地黄丸主要治疗阴虚火旺、潮热盗汗、小便短赤等症状。
2.成分区别：两种丸剂都是由熟地黄、山药、山茱萸、茯苓、牡丹皮、泽泻等组成的六味地黄丸基础上加入其他药物组成的。其中杞菊地黄丸另外加入枸杞子和菊花二味中药，而知柏地黄丸另外加入知母、黄柏二味中药。
3.用药禁忌区别：体质虚寒的患者是不建议服用知柏地黄丸的，而患有严重慢性病的患者需要在医生辩证后服用杞菊地黄丸。 当患者出现身体不适时，还应当及时到医院进行诊治，用药需在医生的辩证后使用。