黄柏对肝肾没有无明显副作用，黄柏的副作用主要以损伤脾胃为主。黄柏的药性苦寒，具有清热燥湿、泻火解毒等功效。可用于治疗湿热泻痢、黄疸尿赤、带下阴痒、热淋涩痛、湿热脚气。
患者长期或过量使用黄柏，则会有损肝肾，可能引起消化不良、腹泻以及全身发热症状。女性在吃了黄柏后，可能会加重宫寒，黄柏也可能会引起过敏，如果是易过敏的体质，不可以服用黄柏。
脾胃虚寒者禁用。建议患者在医生的指导下使用。