大部分甲亢眼突可以恢复。发生甲亢突眼后，多数患者随着甲亢治疗病情缓解而自发性减轻，少数患者会出现继续恶化。甲亢突眼治疗最基础的是控制甲亢，然后根据甲亢突眼的病情程度，给予不同的治疗。
轻度的甲亢突眼病不需要强化治疗，以局部治疗和控制甲亢为主。可以佩戴有色眼镜减轻畏光，使用人工泪液减轻角膜异物感，轻度甲亢突眼是稳定的，不易进展。
中重度突眼在上述基础上可以给予糖皮质激素治疗、眶减压手术等治疗，帮助患者恢复。出现不适及时就医。