藿香正气水对胃肠道刺激性很小，并且更容易让药物和胃肠道接触吸收，所以空腹是可以喝藿香正气水的。藿香正气水是治疗胃肠道疾病的药物，由于中暑或肠道有湿热症的一些患者因为疾病不能吃饭，所以可以空腹服用，不会引起胃肠道不适，反而会更快发挥药效。
但需要注意的是，若患者出现肠胃不适，建议及时就医明确原因，在医生的指导下进行用药，以免耽误病情。