梅毒和艾滋病是两种不同的性传播疾病，潜伏期时间是不同的。梅毒的潜伏期较少超过6周，艾滋病潜伏期与感染的病毒亚型有关，潜伏期为8-10年。国内主要流行株，如CRF01-AE亚型，潜伏期则显著缩短。
1、梅毒：潜伏期与梅毒螺旋体数量成反比，潜伏期较少超过6周。但需要注意，梅毒感染并不一定表现出典型原发性疾病，免疫状态和接种量差异都可以导致临床表现不同。如果免疫力比较强，感染梅毒螺旋体数量较少，发病时间可能就长，反之则比较短，以血清学检测结果作为参考。
2、艾滋病：感染艾滋病毒后，会经历急性感染期、慢性感染期、艾滋病期，慢性感染期也被称为潜伏期，期间由于HIV活跃复制，当CD4细胞计数低于200个/微升时，进入艾滋病期。一般潜伏期为8-10年。HIV在感染者体内不断复制，导致免疫系统受损。可出现淋巴结肿大等，一般不易引起重视。